云南省農業(yè)科學院生物技術與種質資源研究所（以下簡稱“生物所”）建于2004年6月，其前身是創(chuàng)建于1986年的云南省遺傳工程研究室（“遺傳室”）、云南省農業(yè)科學院分析測試中心（“測試中心”），以及1988年建立的云南省農業(yè)科學院品種資源站（“品資站”）。1992年，遺傳室與測試中心合并成立云南省農業(yè)科學院生物技術研究所，同年，經云南省人民政府批準，依托云南省農業(yè)科學院，在所內建設云南省農業(yè)生物技術重點實驗室，1994年建成并通過驗收，是我國地方農科院系統最早成立的農業(yè)生物技術研究機構之一。1998年底，經云南省人民政府省院省校合作辦公室批準，與北京大學植物基因工程與蛋白質工程國家重點實驗室合作共建“北京大學--云南省農業(yè)生物技術聯合實驗室”。2002年經考核評估，被命名為“農業(yè)部南方高原農業(yè)生物技術重點開放實驗室”。2004年，云南省農業(yè)科學院進行學科結構調整，生物技術所與品資站合并成立云南省農業(yè)科學院生物技術與種質資源研究所。
研究所和重點實驗室不斷凝煉優(yōu)化學科方向，目前主要有作物種質資源、農作物生物技術育種、應用植物病毒三大學科方向，建設農業(yè)生物資源與農業(yè)生物技術兩大平臺，是我國南方高原地區(qū)特色農業(yè)生物資源的生物技術研究、開發(fā)、國內外合作交流及人才培養(yǎng)基地。建有國家人事部博士后科研工作站，與云南大學等單位合作的國家生命科學和技術人才培養(yǎng)基地，共建云南大學生物化學與分子生物學博士點和碩士點。與云南大學植物學、細胞生物學、微生物學、生物工程專業(yè)，云南農業(yè)大學作物遺傳育種專業(yè)，昆明理工大學生物工程學院微生物、植物學、生物化學與分子生物學專業(yè)、中國農業(yè)科學院研究生院、華中農業(yè)大學、大理學院等聯合招收碩士研究生，與中國科學院昆明植物所聯合培養(yǎng)博士及碩士研究生。與美國內華達州立大學Jeff Shen實驗室合作共建聯合實驗室，與明技科技有限公司共建美國Backman Culter公司基因測序聯合實驗室，與美國阿拉斯加大學、康奈爾大學、德州農工大學，意大利國際植物遺傳資源研究所，法國國際農業(yè)研究中心（CIQAD），法國聯邦作物科學中心，韓國農村振興廳（RDA），越南國家農業(yè)科學院等機構開展了合作研究項目。
“十五”以來，本所主持承擔國家自然科學基金項目多項，其中地區(qū)聯合資助重點項目2項，承擔國際合作、國家“973”子課題、“863”重點項目子課題、國家現代農業(yè)產業(yè)技術體系、公益性行業(yè)科研專項、國家自然科學基金等項目 項，省科技攻關、自然科學基金重點項目、以及企業(yè)委托的橫向科技項目140余項，發(fā)表論文400余篇，其中SCI收錄25篇，出版專著5部，其中科學出版社2部，獲國家發(fā)明專利10項，獲國務院特殊津貼1人，云南省中青年學術和技術帶頭人11人，獲省部級科技成果獎10項，其中一等獎2項，二等獎3項，成果累計示范推廣600多萬畝，新增產值6億元。
目前，生物所在職職工100人，研究員16人，副高22人，其中重點實驗室博士后合作導師4人，博士生導師2人，碩士生導師7人，博士生15人，在讀博士后5人，碩士生31人。入選云南省創(chuàng)新團隊培養(yǎng)2個。
研究所將按照現代科研院所建設的要求加強機制創(chuàng)新，努力爭取進入全國百強農業(yè)科研所。重點實驗室按照“開放、流動、聯合、競爭”的運行機制，大幅度提高原始創(chuàng)新和集成創(chuàng)新能力，加強推進農業(yè)生物技術成果在生物產業(yè)發(fā)展中的轉化應用，努力爭取成為國家重點實驗室的培養(yǎng)對象。
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