食用菌菌種同作物蔬菜的種子一樣，是獲得高產穩(wěn)產的內在因素和基礎，菌種質量的優(yōu)劣直接影響到食用菌的產量，甚至關系到栽培的成敗。因此，識別、鑒定菌種的優(yōu)劣就顯得十分重要。
1.看菌種瓶（袋）培養(yǎng)料周圍或表面是否有紅、黃、黑、綠等異常斑點或片塊若存在以上任何一種現象，都說明該菌種已被雜菌侵染（香菇、滑菇等產生色素的品種除外），該菌種不宜再用。
2.看菌種瓶（袋）是否被打開過，瓶（袋）外表有無破損凡已打開過或有破損的菌種都有被雜菌污染的可能，所以這樣的菌種不宜再當菌種使用，只能用于出菇。
3.看菌種瓶（袋）標簽上的日期是否過長菌齡過長的菌絲會由營養(yǎng)生長轉為生殖生長，若再做菌種接入培養(yǎng)基后，菌絲萌發(fā)慢，菌絲質量差，抗雜菌能力減弱。菌種中既有發(fā)滿瓶（袋）的，又有未發(fā)滿瓶（袋）的（在同一次制種的前提下），這是由于制種的先后和裝料的松緊不一致造成的，是允許的，這種情況說明該菌種的時間還不算長，可以挑選早發(fā)滿菌絲的瓶（袋）先用。若所有的菌種都已發(fā)滿，且發(fā)現有的菌絲已長出瓶（袋）口，或有的培養(yǎng)料已失水離開了瓶（袋）壁，或有大量的小籽實體出現，都說明該菌種的菌齡已過長，不宜再作菌種使用。
菌種瓶（袋）中的培養(yǎng)料尚未發(fā)滿菌絲，但已出菇的菌種也不宜再作菌種用。這種菌種多是由于將母種無限度地轉管或將原種當母種、生產種當原種轉瓶（或袋）造成的，此情況下的菌種由于菌絲生活力弱，吃料慢，周期長，若繼續(xù)當菌種使用則會嚴重影響成品菇的產量和質量。
4.看菌種的茵絲是否潔白、粗壯菌絲粗壯、潔白、濃密，且培養(yǎng)料的顏色由深變淺者為優(yōu)良菌種；菌絲稀疏，上稀下密或上密下疏的菌種均屬不正常情況，不宜再當菌種使用。需要特別說明的一點是：食用菌中不同種類的菌種在外觀上也有差異，各有自己的特點，如：香菇菌絲常有褐色色素產生，氣生菌絲較少；平菇氣生菌絲則異常繁茂，常能充滿容器；滑菇菌絲潔白度差，常有黃褐色色素。所以在選用菌種時應區(qū)別情況分別對待。
二、聞
在購買菌種時，可打開幾瓶聞一下，正常的菌種應具有該菌種（菌株）的特殊香味，若有霉味、酸味、臭味或其他異味的菌種均屬不正常范圍，說明該菌種已被其他雜菌感染，不能再當菌種使用。
三、試
1.袋裝的菌種可以在袋外面捏一捏，良好的菌種裝得松緊適中，較軟、疏松且易碎的則為劣次菌種。
2.玻璃瓶裝的菌種可隨便開啟一瓶，用攝子或其他硬棒挑碎培養(yǎng)料塊，并適當攪拌培養(yǎng)料塊，易碎者為劣次菌種；較硬且碎屑少者為優(yōu)良菌種。
3.無論袋裝還是瓶裝的菌種，還可以直接用手來斷定菌種的優(yōu)劣優(yōu)良的菌種用手指按壓菌塊時富有彈性，用手掰成小塊時掉下來的碎末少，培養(yǎng)塊斷面菌絲明顯可見。相反，若菌塊無彈性，挖出的菌種不成塊狀，松散、碎屑多，則為劣次菌種，不能用于生產。
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